Cumhurbaşkanlığı Hükümet Sistemi'nde üst düzey kamu yöneticilerinin atama usulleri de belirlendi. 76 görev ve makama üst düzey yöneticiler, Cumhurbaşkanı ile birlikte gelip Cumhurbaşkanı ile ayrılacak. Cumhurbaşkanı, bu isimleri süreleri dolmadan da görevden alabilecek. Diyanet İşleri Başkanı, Milli İstihbarat Teşkilatı başkan ve yardımcıları, Bakan yardımcıları, Merkez Bankası başkan ve yardımcıları, valiler ve büyükelçiler.

Artık bu görevlere atanacak kişilerin çalışma süresi, Cumhurbaşkanı'nın görev süresiyle sınırlı olacak. 3 No'lu Cumhurbaşkanlığı kararnamesiyle üst düzey kamu yöneticilerinin atanma usulleri belirlendi.
76 görev ve makama atamalar, Cumhurbaşkanı kararına bağlandı. Bu görevlere atananların görev süresi, atandıkları tarihteki Cumhurbaşkanı'nın görev süresiyle sınırlandı. 
Cumhurbaşkanı'nın görev süresi sona erdiğinde bu isimlerin görev süresi de bitecek. Görev süresi sona erenler, yeniden atanabilecek. Cumhurbaşkanı, bu isimleri, görev süreleri dolmadan da görevden alabilecek. Bu hükümler, halen görevde olan yöneticiler için de geçerli olacak. Bu karar kapsamındaki üst düzey kamu yöneticileri arasında MGK Genel Sekreteri, TRT Genel Müdürü, Düzenleyici-Denetleyici kurum başkanları, AFAD, SGK, TÜİK, TİKA, TOKİ başkanları da yer alıyor.
Kararnameyle 21 makam ve göreve gelecek isimlerin görev süresi de kısaltıldı. Merkez Bankası başkanı, başkan yardımcıları ve Para Politikası kurulu üyelerinin görev süresi, 5 yıldan 4 yıla indirildi.
Diyanet İşleri Başkanı, YÖK üyeleri, rektörler, ÖSYM Başkanı, TMSF Başkanı ve düzenleyici-denetleyici kurumların başkan ve üyelerinin görev süresi de 4 yıl olarak belirlendi. Ancak belirlenen 21 görevdeki mevcut isimler için farklı bir düzenlemeye de gidildi.
"Cumhurbaşkanı, bu isimleri, görev süreleri dolmadan da görevden alabilecek" hükmü, bu isimler için geçerli olmayacak.